Există nouă provocări să se concentreze pe atunci când încorporează probiotice în matrici alimentare. Acestea sunt: 1. selectarea tulpinii, 2. producția de tulpini, 3. cum să inoculați alimentele, 4. cum să asigurați supraviețuirea în timpul procesării, 5. cum să evitați pierderea viabilității în timpul depozitării, 6. cum se calculează [Probioticele] Numărul de colonii, 7. Efecte asupra proprietăților senzoriale alimentare, 8. [Conservarea produsului] stabilitatea în locuințele consumatorilor, 9. Și să joace un rol în tractul gastro-intestinal.
Mai exact, în sucuri, acizii organici aduc adesea pH-ul produsului sub 4, ceea ce va inhiba supraviețuirea probioticelor. În selecție, acele probiotice care tolerează pH-ul scăzut ar trebui să fie luate în considerare, cum ar fi Lactobacillus peste Bifidobacterium.